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• ​Microscopia: Extensiones de sangre teñidas con métodos de GIEMSA o de Wright (Borrelias que producen fiebre).

• Cultivo: In-vitro en medios especiales, rara vez se llevan a cabo (poca disponibilidad), los microoganismo crecen lentamente.
   

 

• Pruebas basadas en ácidos nucleicos: Biopsias cutáneas (65-75%), Líquido sinovial (50-85%), y muestras de LCR (25%). Estos resultados deben confirmarse mediante un cultivo o serología.
   

 

• Detección de anticuerpos: Pruebas serológicas para confirmación de diagnóstico de sospecha de enfermedad de Lyme. Usualmente se utilizan análisis de inmunofluorescencia (IFA) y los inmunoanálisis ligados a enzimas (ELISA); este se prefiere con antígenos recombinados o purificados (mayor sensibilidad y especificidad).